Jak budować pakiet?

Cykl życia pakietu składa się z kilku kroków:

1. Funkcje i zbiory danych do pakietu są dostępne jako katalog na dysku
2. Funkcje, zbiory danych i ich dokumentacja jest dostępna jako katalog na dysku
3. Pakiet jest dostępny jako plik źródłowy tar.gz lub binarny zip/tgz
4. Pakiet jest zainstalowany (w katalogu z bibliotekami R)
5. Pakiet włączony w aktualnej sesji R.

Opisy z poprzednich rozdziałów pozwalają na zbudowanie pakietu w stanie z punktu 1. Poniżej pokażemy, jak przejść do kolejnych kroków.

Budowanie dokumentacji (-> 2.)

Dodanie opisów dla zbiorów danych czy funkcji w pikach R to jeszcze nie koniec tworzenia dokumentacji. Należy ją teraz przeformatować z postaci Roxygen do plików Rd zrozumiałych przez program R.

W tym celu można wykorzystać funkcję document() z pakietu devtools. Tworzy ona pliki Rd na podstawie opisów roxygenowych w plikach R. Argumentem tej funkcji jest ścieżka do pakietu.

document("kupPanAuto")

## Updating kupPanAuto documentation
## Loading kupPanAuto
## First time using roxygen2 5.0.1. Upgrading automatically...

Po wykonaniu tej instrukcji odpowiednie pliki Rd są dodawane do katalogu man.

Budowanie pakietu do postaci źródłowej (-> 3.)

Aby zbudować katalog z wszystkimi częściami pakietu do jednego pliku - postaci źródłowej pakietu należy wykorzystać funkcję build() z pakietu devtools.

Parametrem funkcji build() jest katalog w którym znajduje się pakiet do zbudowania. Domyślnie jest to aktualny katalog roboczy.

Poniższa instrukcja stworzy plik kupPanAuto_0.0.0.9000.tar.gz (do nazwy pakietu dodawany jest automatycznie numer wersji) źródłowy z zawartością pakietu.

build("kupPanAuto")

'/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R'  \
  --no-site-file --no-environ --no-save  \
  --no-restore CMD build  \
  '/Users/pbiecek/GitHub/Przewodnik/inne/kupPanAuto'  \
  --no-resave-data --no-manual 

* checking for file ‘/Users/pbiecek/GitHub/Przewodnik/inne/kupPanAuto/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘kupPanAuto’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking for LF line-endings in source and make files
* checking for empty or unneeded directories
* building ‘kupPanAuto_0.0.0.9000.tar.gz’

[1] "/Users/pbiecek/GitHub/Przewodnik/inne/kupPanAuto_0.0.0.9000.tar.gz"

Instalacja pakietu (-> 4.)

Pakiety instalowane są w katalogu z bibliotekami R. Ścieżkę do tych katalogów można odczytać używając funkcji .libPaths().

.libPaths()

## [1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library"

Aby zainstalować pakiet z pliku źródłowego lub z katalogu, można wykorzystać polecenie install().

Parametrem funkcji install() jest katalog w którym znajduje się pakiet do zbudowania. Domyślnie jest to katalog roboczy.

install("kupPanAuto")

Installing kupPanAuto
'/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD  \
  INSTALL '/Users/pbiecek/GitHub/Przewodnik/inne/kupPanAuto'  \
  --library='/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library' --install-tests 

* installing *source* package ‘kupPanAuto’ ...
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (kupPanAuto)
Reloading installed kupPanAuto

Pakiety można instalować z repozytorium CRAN poleceniem install.packages() a z repozytoriów GitHub poleceniem install_github().

Poniższa instrukcja zainstaluje pakiet proton ze strony https://github.com/BetaAndBit/PieczaraPietraszki

install_github("BetaAndBit/PieczaraPietraszki/protonENG")

Włączanie pakietu (-> 5.)

Aby skorzystać z danych lub funkcji pakietu należy pakiet włączyć poleceniem require() lub library(). Ewentualnie można wykorzystywać operator dostępu :: (lub ::: dla funkcji, które nie są publiczne).

library(kupPanAuto)